שיתוף פעולה בין מ.ס אשדוד להפועל גן יבנה יוצא לדרך. בעונת המשחקים הבאה, 2025/26, אשדוד תבחן מקרוב את שחקני גן יבנה במטרה להעניק להם את התכנים המקצועיים שניתנים בעיר הנמל ומעבר לכך – תוכל לקבל לידיה, בשנים הבאות, שחקנים שיוכיחו עצמם כפוטנציאל. מעבר לכך, הפועל גן יבנה תוכל גם היא לקבל שחקנים בהשאלה.
נכון להיום, הפועל גן יבנה מפעילה בית ספר לכדורגל לגילים הצעירים, קבוצת בוגרים, קבוצת ילדים ג' וקבוצת טרום ילדים ב', המשתתפות בליגות תחת המעטפת של ההתאחדות לכדורגל. שיתוף הפעולה עם מ.ס אשדוד מתייחס למחלקת הנוער כשבסופו של דבר יועברו תכנים מהרמה הגבוהה ביותר שיש בעיר הנמל להפועל גן יבנה, בקשר רציף בין המנהלים המקצועיים במחלקות.
הפועל גן יבנה, שרק העונה רשמה, כאמור, את שלוש קבוצותיה הפעילות תחת ההתאחדות לכדורגל, קיבלה אור ירוק מצד מ.ס אשדוד ושיתוף הפעולה נחתם וכבר בעונה הקרובה, כאמור, הצדדים יעבדו יד ביד. בגן יבנה יכולים להתגאות בעבודתם על שבחרה מ.ס אשדוד לעבוד מולם, כשרק עונה אחת מאחוריהם.