כנראה שלאוהדי הפועל באר שבע, לסכם את תקופתו של אליניב ברדה זו משימה בלתי אפשרי. מי שחזר למועדון נעוריו מבלגיה, הוביל את הקבוצה לתארים ראשונים אחרי 40 שנה כשחקן, המשיך כמנהל וכמאמן והפך לאחד הסמלים הגדולים במועדון מבירת הנגב, עוזב היום (שישי) את הקבוצה.
ברדה הגיע להפועל באר שבע אי שם בקיץ 2013, לאחר חמש עונות מוצלחות בגנק, כדי לסגור מעגל במקום בו פרץ לראשונה. בעונתו הראשונה, הוביל את הקבוצה למקום השני, שנה אחרי שכמעט וירדה ליגה.
בעונת 2015/16, שלוש שנים לאחר שהגיע, הצליח להוביל את המועדון לתואר ראשון אחרי 40 שנה כשזכה עם הקבוצה באליפות המדינה, כשכבש 14 שערים וזכה בתואר שחקן העונה. בעונה שלאחר מכן, סבל מפציעה ונעדר למשך זמן רב, ולמרות זאת היה שותף לזכייה השנייה באליפות, ולזכיות בגביע הטוטו ואלוף האלופים.
בעונה שלאחר מכן, הגיע אולי האירוע הדרמטי של אליניב ברדה בקריירה. במהלך אימון, החלוץ נפגע מכדור והתמוטט, והזדקק להחייאה באמצעות דפיברילטור. בינואר 2018, בעודו ממתין לתוצאות הבדיקות אשר ייקבעו אם יוכל לחזור לשחק, מונה ברדה זמנית לעוזר מאמן בקבוצה, ובתום העונה זכה עם המועדון באליפות שלישית ברציפות.
בתום העונה הזו, פרש החלוץ ממשחק פעיל ועבר לעמדת עוזר המאמן ולאחר מכן למנהל המקצועי של הקבוצה. לאחר פיטוריו של רוני לוי, מונה ברדה למאמנה הזמני של הקבוצה והוביל אותה לזכייה בגביע המדינה.
לאחר חצי עונה מוצלחת, ברדה החליט להישאר על הקווים וחתם לשנתיים נוספות במועדון, במהלכן הוביל את הקבוצה פעמיים למקום השלישי. ברדה עוזב לאחר 11 עונות רצופות, במהלכן זכה בשלוש אליפויות, גביע המדינה, גביע הטוטו ואלוף האלופים.